A Napoli arrivò in pompa magna nell'estate del '92, dopo gli anni positivi alla Samp di Boskov e la conquista nella nuova nazionale di Arrigo Sacchi. Ma l'impatto fu fallimentare come quasi tutta la stagione 1992-93 nata su tutt'altri auspici. Dopo l'esonero di Ranieri, arrivò Bianchi come allenatore che praticamente lo schifò da subito e non lo fece quasi mai giocare, preferendogli perfino il giovane Altomare nel suo ruolo. Nell'estate del '93, Bianchi passò come dirigente con Lippi in panchina, e dopo il mancato scambio con la Juve per Galia, saltato proprio l'ingaggio eccessivo di Eta Beta Pari che rifiutò di decurtarselo nonostante dovesse andare alla Juve, Bianchi che teneva più cazzimma che anni, lo mise letteralmente fuori rosa, insieme all'oggetto misterioso Cornacchia, uno che in 2 anni di Napoli non giocò praticamente mai. Soltanto nella primavera del '94, quando Bianchi lasciò l'incarico perchè firmò per l'Inter come allenatore per la stagione successiva, Lippi che non era un fesso ma uno con due palle enormi, trovandosi in emergenza con un Napoli che all'epoca lottava per l'ultima posizione disponibile per la coppa Uefa, decise di reintegrarlo e per la prima volta a Napoli, fu decisamente prezioso. Ricordo la partita decisiva di Foggia, dove annullò il pericolo Stroppa. Quando Boskov poi l'anno successivo subentrò all'orridissimo Guerini, Fausto Pari tornò ad essere un titolarissimo, ma stavolta nell'inedito ruolo di marcatore in difesa. Scelta che fece prendere a Boskov molte critiche, perchè certo era un pò strano vedere l'ex mediano della Samp, azzeccato a veri marpioni dell'area di rigore come Signori, Baiano, Fonseca, Marco Simone, Protti e compagnia....
Ma se nel primo anno se la cavò pure (fatta eccezione per qualche clamorosa debacle, tipo a Firenze dove fu letteralmente sfuttuto da Baiano), nel secondo anno, dimostrò tutte le sue pecche in quel ruolo, tanto è che nel finale di campionato, zio Vuja decise di proporre il giovane Baldini in quel ruolo, anche perchè l'altro marcatore ad uomo, dopo la partenza di Cannavaro, fu l'argentino Ayala, altra sciagura immane. A fine anno con l'addio di Vuja, lasciò pure Eta Beta che si trasferì a Piacenza.